Kyrönjoki on osa Kokemäenjoen-Saaristomeren-Selkämeren vesienhoitoaluetta ja joelle on vuonna 2008 valmisteltu ehdotus vesienhoidon toimenpideohjelmaksi. Kyrönjoen alueella vesienhoidon keskeisiä kysymyksiä ovat hajakuormitus, rakenteelliset muutokset ja happamien sulfaattimaiden aiheuttamat ongelmat. Vesien ekologinen tila vaihtelee Kyrönjoen alueella huonosta erinomaiseen. Ekologista tilaa heikentää erityisesti ravinne-, happamuus- ja metallikuormitus ja joen rakenteeseen tehdyt muutokset. Kemiallinen tila on arvioitu hyvää huonommaksi Kyrönjoen alaosalla, Lehmäjoella ja Orismalan joella. Huono kemiallinen tila on seurausta happamien sulfaattimaiden kuivatuksesta.

Toimenpideohjelmassa on arvioitu sektorikohtaisesti (haja- ja loma-asutus, yhdyskuntien jätevedet, turvetuotanto, turkistuotanto, maatalous, metsätalous, vesistörakenteet ja säännöstely, vesistökunnostukset, maaperänhappamuus) tavoitteiden saavuttamiseen edellyttävät toimenpiteet. Vesien hyvän tilan saavuttaminen edellyttää myös tiedollisia, taloudellisia ja hallinnollisia ohjauskeinoja. Neuvontaa ja koulutusta tarvitaan erityisesti haja-asutuksen, maatalouden ja metsätalouden vesiensuojelussa sekä maaperän happamuuteen liittyvissä toimenpiteissä. Ehdotetut toimenpiteet parantavat selkeästi Kyrönjoen tilaa ja hyvä tila voidaan niiden avulla saavuttaa kuudessatoista muodostumassa vuoteen 2015 mennessä. Kahdessakymmenessä kahdessa muodostumassa tarvitaan lisäaikaa vuoteen 2021 tai 2027 asti erilaisten teknillisten ja luonnonolosuhteisiin liittyvien syiden takia. Ehdotettujen toimenpiteiden toteuttaminen parantaa alueen asukkaiden viihtyvyyttä, virkistyskäyttö- ja kalastusmahdollisuuksia ja vedenhankinnan edellytyksiä.