Pohjois-Karjalan vesistöjen tilan parantaminen -hankkeen kalaosion ensimmäisessä osatutkimuksessa selvitettiin kahdeksan hajakuormituksen kuormittaman tummavetisen metsäjärven ekologista tilaa koekalastusten avulla. Hankkeessa hankittiin tietoa humusjärvien kalayhteisöjen rakenteesta ja testattiin suomalaisen kalayhteisöindeksin sekä ruotsalaisen FIX-indeksin toimivuutta järvien ekologisen tilan luokituksessa. Tulosten perusteella suomalainen indeksi luokitteli kaikki järvet erinomaiseksi, kun taas ruotsalaisen FIX-indeksin luokittelu erotteli järviä enemmän.

Osatutkimuksessa ”Mitä ahventen morfologiset erot kertovat järvien ekologisesta tilasta?” vertailtiin ahventen morfologisten piirteiden eroja neljän hankejärven välillä ja kunkin järven sisällä. Ahventen tiettyjen morfologisten piirteiden erot voivat kuvastaa eroja ravinnonkäytössä ja siten antaa viitteitä kohdejärven heikentyneestä ekologisesta tilasta johtuen ravintoketjun vääristymisestä.

”Epidermaalisen papillomatoosin esiintyminen viidessä pienessä, runsashumuksisessa pohjoiskarjalaisessa metsäjärvessä” -osatutkimuksessa testattiin papillomatoosi-kalatautiin perustuvaa tutkimusmenetelmää humusjärvien ekologisen tilan muutoksen toteamisessa. Tutkimuksessa selvitettiin myös menetelmän soveltuvuutta kalastusta harrastavien kansalaisten seurattavaksi kalastuksen ohessa.