Pyhäjärven vesistöalueella tarkoitetaan tässä selvityksessä vesialuetta Tampereen Tammerkoskesta Rauttunselälle. Vesistöalue on Tampereen ja sen monien lähikuntien keskeistä vesienkäyttö- ja virkistysaluetta. Perinteisesti se on kuitenkin koko Kokemäenjoen vesistön rehevimpiä johtuen maatalouden kuormituksesta ja jätevesikuormituksesta. Pyhäjärven alueen pohjoisosan eli Tampereen Pyhäjärven kuormitus muodostuu pääosin asutuksen ja teollisuuden pistekuormituksesta. Veden laatu on kuitenkin parantunut viime vuosikymmeninä lähinnä Näsijärven puunjalostusteollisuuden tuotantomuutosten seurauksena. Pyhäjärven eteläosa on taas tyypiltään hyvin erilainen. Se on pääosin hajakuormituksen, etupäässä maatalouden kuormittama ja voidaan luokitella selvästi reheväksi.

Tämän hankkeen tarkoituksena on inventoida ja määrittää kvantitatiivisesti Pyhäjärven kunnostustarpeeseen liittyvät paineet Pyhäjärven eri osavaluma-alueilla sekä Pyhäjärven osa-altailla. Tämä alustava selvitys palvelee yhtäältä suoranaisia kunnostustarpeita, toisaalta selvitys antaa pohjan Vesipolitiikan puitedirektiivin (2000) velvoittaman vesienhoitosuunnitelman ja toimenpideohjelman toteuttamiselle ko. alueella. Toimenpideohjelmat eri ongelma-alueille - kuten Pyhäjärven alueelle – tullaan laatimaan v. 2008 loppuun mennessä. Selvityksen pääpaino on ravinnekuormituksessa ja sen vaikutuksissa Pyhäjärven tilaan. Laskelmien pohjalta on esitetty yleiset toimenpidesuositukset. Toimenpidesuosituksia on esitetty lähinnä ongelmakohtaisesti painottuen ravinnekuormitukseen ja Pyhäjärven alueen erityiskysymyksiin. Toimenpidesuositukset on kuitenkin ryhmitelty pääosin vesipuitedirektiivin vesienhoidonsuunnittelun edellyttämän toimenpideohjelman mukaisesti.

Raportissa on myös tarkasteltu Pyhäjärven pohjoisosan erityisongelmaa, pohjasedimenttiin kertyneitä PCB-yhdisteitä. Vuosikymmeniä käytössä olleita teollisia PCB-valmisteita on kulkeutunut eri tavoin Pyhäjärveen. Järviolosuhteissa ne kulkeutuvat pääasiassa orgaanisen aineen mukana, rikastuvat ravintoketjussa ja kertyvät etenkin vesieliöihin sekä sedimentoituvat pohjaan. Pyhäjärven pohjoisosasta otettujen sedimenttinäytteiden korkeimmat PCB-pitoisuudet havaittiin syvemmistä sedimenteistä. Nämä maksimipitoisuudet ajoittuvat korkeimman PCB kuormituksen aikaan, joka lienee ollut 1960–1970 luvuilla. Kuormituksen pienentyessä ja osan PCB yhdisteiden hajotessa, sedimentin pintaosiin on kertynyt pienempiä pitoisuuksia kuin syvempiin sedimentteihin. Kalojen dioksiini- ja PCB pitoisuuksien myrkyllisyysarvion mukaan pitoisuudet ovat kohonneita, mutta arvot alittavat elintarvikkeille asetetut raja-arvot.