Virtavesiekosysteemit ovat merkittävä osa biosfääriä ja vaikka ne kattavat vain noin kaksi prosenttia maapallon pinta-alasta, ovat ne silti yksi monimuotoisemmista ekosysteemeistä maailmassa. Padot pirstovat virtavesielinympäristöjä ja katkaisevat jokijatkumon, joka on toiminnallisuuden kannalta merkittävin tekijä jokisysteemeissä. Jos joessa olevaa patoa ei voi purkaa, voidaan joen tilaa parantaa rakentamalla luonnonmukainen ohitusuoma, jonka avulla pyritään turvaamaan virtavesijatkumon säilyminen, jota pelkkä tekninen kalatie ei varmista. Luonnonmukaiset ohitusuomat voivat myös toimia eliöiden elin- ja lisääntymishabitaattina. Tämän tutkielman tavoitteena oli selvittää eDNA-menetelmän avulla, miten luonnonmukaiset ohitusuomat vaikuttavat kalayhteisöjen koostumukseen kymmenessä eteläisen Suomen padotussa joessa. Tulosten perusteella luonnonmukaisen ohitusuoman kalayhteisöt erosivat joen pääuoman kalayhteisöstä, eli ohitusuomalla oli vaikutusta padottujen jokien kalayhteisön koostumukseen. Erityisesti vaelluskalalajien, kuten ankeriaan (Anguilla anguilla) ja taimenen (Salmo trutta), DNA:ta löytyi enemmän ohitusomista kuin jokien pääuomista. Tutkimustulokset osoittivat myös eDNA-menetelmän soveltuvan jokien kalayhteisöjen seurantaan.